У меня один уже был и я просто добавил его в разделе SSL-сертификаты. Там просто жмешь кнопку добавить и дальше вводишь ключ. А для второго при создании домена через расширенные настройки Let's Encrypt выпустил. Те заходишь в сайты, там создать и расширенные настройки - и появляется варинат с самоподписанный или LE.
У них еще в телеге недавно статья про это была -
https://telegra.ph/Gajd-po-integracii-s-Lets-Encry... 
