1) Как написали в первом комментарии: делать операции в транзакциях, вести логи транзакций.

2) Двойная запись (https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%B2%D0%BE%D..., вот лекция с описанием https://vimeo.com/117154510.

3) У денежных систем (Paypal и т.п.) бывают разные способы ответа вашем сайту о том, что пользователь действительно оплатитил счет, так вот, никогда не нужно использовать систему, когда подтверждением является редирект пользователя на страницу вашего сайта с хешом операции. Ваш сайт должен отправлять запрос на проверку операции независимо от пользователя.

4) Ведение логов действий пользователей (когда вы видите, что по логам пользователь 5 раз пополнил баланс на общую сумму 2000 рублей, а на реальный счет вам пришло 400 рублей, то это повод бить тревогу).

5) Бекапы

Единственный способ ощутимо ускорить COUNT, это не использовать COUNT, для определенных задач есть альтернативы, например если COUNT нужен вам для постраничной навигации, то можно выбирать число страниц больше нужного в n раз + 1 и на основании этого делать пагинацию.

Пример:
В таблице 700000 записей, нам нужно вывести десятую страницу с 10 записями с постраничной навигацией: выбираем не 10, а 41 запись (не забываем про офсет), выводим 10, но благодаря тому, что выбралась 31 запись вперед, мы знаем что еще есть как минимум 4 страницы на которые можно отобразить ссылки.

Странно что еще не отклонили, версии ниже 1.0 нельзя выпускать, поэтому рекомендую сменить версию.