Прокси работает на седьмом уровне модели OSI, если ваше приложение не умеет работать с прокси в своём протоколе обмена данными, вы его трафик в socks-прокси не завернёте в принципе. VPN работает фактически на втором, что позволяет завернуть в него ЛЮБОЙ трафик поверх протокола IP, поэтому в него можно завернуть что угодно. То есть, ответ "никак", ибо "в Linux" трафик это IP и всё что выше, а IP в сокс-прокси не заворачивается.
