Запусти проверку на ошибки диска на котором установлена Windows 7.
Если перевести компьютер в спящий режим, а после загрузиться через другую операционную можно заметить недопустимость изменения содержимого в диске на котором располагается первая. Может Линукс как то нарушает это правило?