@Whiteha,
в общем я не очень понимаю как нужно отследить проблему
- вам нужно, как минимум, быть внимательным, и прислушываться к получаемым советам.
Вот, к прмеру, я вам указал минимальный вариант проверки раздела для вашего случая: chkdsk <буква_раздела>: /F (хотя, если по-хорошему, то надо было делать даже: chkdsk <буква_раздела>: /F /R). Вы же сделали: chkdsk <буква_раздела>:
Да, так оно, конечно, быстрее. Но быстро, как известно, происходит только процесс размножения.
Да и на вирусы, лучше бы проверить CureIt'ом от DrWeb'а.