Один из лучших вариантов будет действительно развернуть на своём сервере внутри компании опенсорсный чат. Но явно хороших решений в этом направлении не встречал.
Мы юзали внутри компании Сигнал, сейчас пробуем ещё русский Tukan. Но у него нет звонков, только отправка файлов, групповые чаты и переписка. Не хранит на сервере переписку, она вся у тебя в зашифрованном виде, не требует имейлов и телефонов для регистрации, всё очень неплохо. Надеюсь ближайшее время появится побольше опенсорсных серьёзных решений в направлении безопасной переписки.