Обфускация не должна менять результат выполнения кода. Если он не запускается с обфускацией, скорее всего, без обфускации он не запускается тоже.
(кстати, стоило сделать наоборот, сначала минифицировать, потом обфусцировать)
"catalog\view\theme\apple\libs\"
тут кавычка заэкранирована. Уберите слеш в конце или поставьте второй слеш перед ним
"catalog\view\theme\apple\libs\\"
или
"catalog\view\theme\apple\libs"
