Михаил Гильмутдинов, ну так вы расскажите что значит "не работает". В консоли ошибка? Если да, то какая? До обфускации не было ошибки, после - появилась?
Михаил Гильмутдинов, кажется у вас функция обратного вызова не объявлена. Возможно, вы как-то совсем зло обфусцировали и имя этой функции тоже обфусцировалось. Проверьте наличие функции initMap в исходном коде и в обфусцированном. Конечно в обфусцированном ее может и не быть видно, но всё же. Если всё правильно и вы уверены, что проблема именно в обфускации, то почитайте какие есть настройки у используемого вами обфускатора. В частности, попробуйте отключить name mangling.
Обфускация не должна менять результат выполнения кода. Если он не запускается с обфускацией, скорее всего, без обфускации он не запускается тоже.
(кстати, стоило сделать наоборот, сначала минифицировать, потом обфусцировать)