Проблему решил тупым поиском информации на азиатском сегменте интернета.
Вместо плагина mmd_tools, я юзал MMD4Mecanim, он и свои качественные шейдеры даёт, и нормально модель в FBX переводит прямо в unity.
Прямая ссылка на плагин:
stereoarts.jp/MMD4Mecanim_Beta_20200105.zip
Ссылка на сайт разработчика:
stereoarts.jp
Нашёл статью про него, по ней посмотрел, что и как(на деле просто unitypackage файл из архива запустить, а дальше всё интуитивно понятно):
https://laboratoriesx86.wordpress.com/2015/04/26/t...