В Navicat есть отличный Import Wizard. Выбираем там Text File, в field delimiter ставим запятую (для csv) и все. Если потребуется, он даже сам создаст структуру таблицы для импортируемых данных.
P.S. У Навиката есть бесплатная версия, но я не уверен, что там есть этот визард.
