Сергей Юрьевич

Конечно может
Если влияет отрицательно надо менять если положительно можно не менять

Есть вариант делать потоковую отрисовку с обратной связью для управления. На сайте только видео-контейнер и скрипт для него, типа webrtc, а на сервере отрисовка страницы с учётом передаваемых клиентом команд. Такое google-stadia для web-страниц.

Используйте современные технологии:
Scss
обфускаторы кода
страйперы для вырезки комментов
Системы автоматического развертывания. То есть вы работаете с чистым кодом, а потом после развертывания это превращается в кашу.
Заложите бомбу в ваши скрипты. Логика простая если нет куки или локал стораджа, то показывается баннер "Этот человек мошенник и воришка". Или привяжите этот код к имени домена.

В общем ваша задача максимально усложнить жизнь реверсеру.

1. Разрабатываете сайт
1.1 Делаете светлую тему
1.2 Делаете темную тему

2. Делайте таким образом, чтобы авторизованный пользователь в настройках пользователь мог выбрать тему.
2.1 Делаете селектор
2.2 Модифицируете код вашего сайта чтобы он на основании авторизации пользователя подменял тему.

3. Если хотите чтобы и у неавторизированных пользователей была такая возможность, то сохраняйте тему в cookie и при заходе на сайт в код п. 2.2 добавляете проверку cookie.

Какой пункт осветить подробнее?