Я использовал
CasperJS и у него есть метод
.download(). Думаю в PhantomJS есть что-то подобное. Когда открывается окно отдающее файл, браузер должен делать запрос на сервер по определенной ссылке. Эту ссылку и нужно передать в метод .download(), если он есть.
