1. В директории с приложением создать папку templates, туда поместить html.
2. В приложении(видимо server.py) импортировать модуль шаблонов: from flask import render_template
3. Далее для корневой директории в приложении создать например такую функцию:
@app.route('/')
def index():
return render_template('index.html')