Если семёрка - то у неё есть такой баг, лечится остановкой службы обновления и установкой заплатки, номер точно не скажу.
если 8,1/10 - для них это иногда нормально. В это время происходит обслуживание ПК (очистка/дефрагментация и проч.) причем винде пофигу что ты в это время делал. Лечится наведением порядка в расписании осблуживания.
Так же рекомендую как посоветовали выше, отключить вообще всё в автозапуске - посмотреть что изменится, запустить process explorer от имени администратора и посмотреть что происходит.
Плюс непомешало бы проверить СМАРТ у диска и его поверхность, возможно даже чекдиск сделать.