DWSVad

Из догадок:
— все файлы сохранены
— все файлы без ошибок
— если есть какая то система контроля версий — все файлы последней версии.

Склоняюсь больше ко второму пункту

В таблицах связей обычно делают первичный ключ на оба поля.
И insert ignore

Во-первых, открывать поля класса для публичного доступа — это почти всегда плохая идея.
Во-вторых, очень важно, чтобы API был лаконичным и кратким. Стороннему разработчику, который будет пользоваться вашим классом, не нужно видеть больше методов, чем может понадобиться по смыслу задачи (не перегружайте людей информацией и не раскрывайте деталей своей реализации).
Поэтому методы стоит определять как private по умолчанию. Если выяснится, что метод может потребоваться (или его поведение может уточниться) в потомке, то делайте его protected.

Делать публичными стоит только те методы, которые соответствуют смысловой абстракции.

Как сказали выше, private нужно использовать для тех переменных, которые не нужны будут наследникам класса для использования в явном виде.
Я, например, все переменные делают private и только при острой необходимости перевожу их в protected. Но чаще я делаю просто protected геттеры и сеттеры для этой переменной, т.к. как может возникнуть необходимость контролировать доступ к ней и из дочерних классов.
К тому же не забывайте, что в разных языках protected ведет себя по-разному. К примеру, в C++ protected позволяет дочерним классам иметь доступ к переменной, а в Java — дочерним классам, а так же всем остальным классам, находящимся в этом же пакете.