По .NET вакансий больше в СНГ. И для Java, если они есть, то как правило это EE с некоторым количеством смежных технологий (Hybernate и т.д.) и 3+ опыта работа. На сегодняшний день работу в .NET найти проще. Да и средства разработки наиболее удобные. По окладу одинаковые должности имеют примерно одинаковые суммы. Языки схожи, но C# развивается быстрее, Java более консервативна в этом плане (что с определенной точки зрения хорошо).
За рубежом может ситуация по вакансиям отличается, но среди заказов .NET опять же мелькает чаще. Складывается впечатление, что Java это либо Android (но на высоких окладах требуют много чего другого), либо глубокий-глубокий commerce.
