Что нужно сделать, что бы ipset после reboot сервера сохранял сеты?

Только IPTABLES загружается раньше чем выполниться строка из rc.local. И если в нем есть правила с ipset то он удачно завершиться с ошибкой.

Ограничение пользователей hotspot в гостинице. Как правильнее?

Ну я показал только строку настройки берста. Ограничение с берстом 2 Мб в течении 30сек. с последующим ограничением до 1Мб.
Ну можете сделать и несколько профилей для разных пользователей, но тогда вам нужно персонализировано выдавать доступ. А так все советы в данном топике полезны.