Не занимаюсь сейчас подобной разроботкой (клиенты, ftp, итп). Ведем большой проект, работаем в команде, юзаем git. Локальный репозиторий у каждого на компьютере + git + сервер (live,dev) + gitosis (похоже на
habrahabr.ru/post/75990/, если не идентично, т.к. по ней впервые настраивал).
Разумеется, супер удобно для разработки, но не очень - для хотфиксов. Тут, пожалуй, нет одного конца у палки... Если набирается более или менее большое кол-во фиксов (что повлечет много измененных файлов) - целесообрано юзать git. Если это 1-2-5 мелких правок проще на ftp, а потом просто слить себе всю тему/плагин на локаль и продолжать разработку.
Стоит отметить, что для организации git-репозитория на сервере, Вам понадобится root (иначе не представляю возможным поставить сам git + точно не уверен, как удастся настроить доступ к репозиторию именно для Вас), а не каждый заказчик, на мой взгляд, готов взять хотя бы vps, только для того, чтобы Вам было удобнее файлики сохранять.
Безусловно, если Вы все делаете на своем сервере - будет лучше юзать гит...
Но опять-таки, если найдете конец у палки :)
С удовольствием поделюсь своим опытом детальнее, если это нужно.
P.S. Недавно надо было жене сайт по-быстрому развернуть (визиточка, для работы) - гит не юзал, правил через SFTP в Sublime, хоть и разместил его на своем сервере (где есть и гит и гитосис).