CycaHuH

system возвращает вывод из stdout, а wget пишет в stderr.
Можно было бы перенаправить вывод из stderr в stdout так:

$result_load = system("/usr/bin/wget -i $from -nH -r --cut-dirs=2 --directory-prefix=$to -nc 2>&1");

но интерпретатор экранирует спецсимволы.

Стоит посмотреть в сторону popen

Я бы смотрел в сторону File System Filter Drivers.

Использовать переменные:

TEST_ARGS ?= default_args

test:
        ./_test_script $(TEST_ARGS)

И вызывать make так:
$ make test TEST_ARGS="-m core -r console"

Примерно так:

git remote add <name> <submodule_url>
git fetch <name>
git merge -s subtree <name>/<branch>

Под линуксом iconv умеет пропускать невалидные символы
iconv -cf utf8 < /path/to/xml