Я обнаружил, по такой же ошибке, что это происходило при том условии, когда я пытался в FastPanel получить SSL сертификат на тот же домен, который был прописан как домен для всего сервера (VPS) при его создании. Для двух других доменов, SSL сертификаты были получены без проблем. Решение нашел такое, что нужно было подредактировать файл /etc/hosts .
Было:
127.0.1.1 domain.com domain
127.0.0.1 localhost
Стало:
127.0.1.1 domain
127.0.0.1 localhost
После этого, SSL сертификат сразу же выдался для этого домена без ошибки.

Теперь только не совсем понятно, что делать с этой записью в hosts (позабыл я уже по этой теме)? По идее это же нужен там домен? Но, если этот домен там вернуть, то может не срабатывать автоматическое продление SSL сертификата для этого домена? А если другой домен там прописать, то какие могут быть последствия для сервера?