Я не знаю поможет или нет. Но можно попробовать через dd создать файл из нулей и записывать пока не кончится место и потом удалить его.
Как то так: dd if=/dev/zero of=zero.img bs=1M count=100000
Для извращенцев ещё есть вариант дефрагментировать диск узнать где конец данных и опять dd но уже сразу на диск писать нули.(ОПАСНО !!!)