Понимаю, что запоздалый ответ, но мож кому и пригодится.
Качаем ffmpeg
https://ffmpeg.zeranoe.com/builds/ (под винду)
распаковываем архив, запускаем коммандную строку, заходим в каталог bin и набираем следующую команду.
ffmpeg.exe -i videoplayback.mp4 -i videoplayback.m4a -acodec copy -vcodec copy output.mp4
где:
videoplayback.mp4 и videoplayback.m4a - исходные файлы, естественно, если они не в каталоге с ffmpeg.exe, то указываем полный путь
output.mp4 - выходной файл, уже со звуковой дорожкой.
