Я так понимаю у вас одна сущность и несколько таблиц для нее? Вы используете @SecondaryTable для связывания таблиц?

Как вариант воспользуйтесь ThreadPoolTaskExecutor и чекайте Future (для мониторинга выполнения задачи) в контроллере с помощью @ResponseBody по урлу (пример /task/{taskId}/check).