Oleg Burca

Если вы используете сервер от Masterhost или другого провайдера, то вам надо у них подтвердить.
Но если вы используете свой сервер - по умолчанию нет никаких ограничений на время исполнения процесса.

Если баз не много, можете сделать резервные копии и только после этого обновить или вообще полностью снести MySQL старой версии (не забудьте что кроме баз данных. есть ещё пользователи и их привилегии) и все настройки и установить новую версию, после чего заново создать базы и пользователей, выставить нужные привилегии.

Но в принципе обновление с 5.1 на 5.5 должно пройти очень гладко.

Я использую Virtualmin.
Немного донастроил - подключил nginx в качестве фронт-энда для apache.
Остальное Virtualmin сам делает.

Но он не решает проблему с установкой разных версий PHP.

После испытания всевозможных систем виртулизации, остановился на Proxmox.
Устанавливается за 10 минут, работает шустро, система управления через любой браузер, можно и KVM и OpenVZ в одном флаконе.

Установите бесплатную панель или купите ту с которой есть опыт и будет вам счастье.

Можно просто прописать в /etc/hosts левые IP адреса для этих сайтов.
Например:
1.2.3.4 odnoklassinki.ru
1.2.3.4 facebook.com
1.2.3.4 vk.com

Тогда браузер будет пытаться открыть сайт с этого левого адреса.