Я рекомендую устанавливать и Яндекс.Метрику, и Google Analytics одновременно.
Яндекс.Метрика нужна по трём причинам:
1. Простая интеграция с Яндекс.Директом через этот самый yclid. А ещё автоматическое отключение рекламы, если сайт перестал работать.
2. Ретаргетинг в Директе работает только через Метрику.
3. Вебвизор, аналога которого просто нет в Google Analytics.
Google Analytics — для всего остального, как основная система анализа эффективности работы сайта и рекламных кампаний. Вот для него как раз и придётся добавить ещё и UTM-метки, так как по yclid он ничего вытащить из Директа не сможет, Яндекс не даст. =)