Сколько не использовал low-level хуки, еще ни разу не испытывал каких либо неудобств с антивирусами. Нагрузка на систему конечно есть но не столь существенная (все таки события клавиатуры и мишки происходят не так часто, чтобы сильно нагрузить процессор даже не самым оптимальным алгоритмом который решает вашу задачу).
У меня также есть статья на эту тему:
habrahabr.ru/post/146800/ 
