У меня то же самое на Убунту 18.04 x64 со штатным Питоном 3.6 x64 приключилось.
PyQt5 поставился, а именно PyQtWebEngine - не находил совместимую версию.
Помог только запуск pip через Питон:
python3 -m pip install PyQtWebEngine
Сам всё тут же нашёл, скачал и поставил