Cooliq

Создаем в настройках дополнительный ключ со значением источника по умолчанию (например, defaultSourceFile).
Создаем плагин на системное событие OnDocFormRender (или Prerender).

$setting = $modx->getObject('modSystemSetting', 'sourceFile');

$tplID = $resource->get('template');
$change = false;

if($tplID == 2){
  $setting->set('value', 'newValue');
  $change = true;
} else{
  $defaultSetting = $modx->getObject('modSystemSetting', 'defaultSourceFile')->get('value');
  if($defaultSetting != $setting->get('value')){
    $setting->set('value', $defaultSetting);
    $change = true;
  }
}

if($change){
  $setting->save();
  $modx->cacheManager->refresh(array('system_settings' => array()));
}

Получается, при редактировании ресурса с id шаблона 2, настройка меняется на newValue, в остальных случаях, откатывается до значения из настройки defaultSourceFile, если настройка была изменена.