Судя по вашему вопросу, вы неправильно трактуете идею MVC либо же путаете MVC и ORM.
MVC ничего не регламентирует по поводу того, как вам работать с данными. Этот паттерн подразумевает лишь разделение вашей бизнес-логики (данные и обработка оных) и представления посредством промежуточного слоя контроллеров.
То как хранятся данные слабо относится к бизнес-логике, это обычно выносится в сервисный слой. И тот же yii не ограничивает вас в чем-быто нибыло. Вы можете не использовать ar вообще, можете заменить на data mapper (с использованием doctrine). Скажем ваши данные вообще ничего не должны знать о том как они хранятся, об этом даже контроллеры не особо то должны быть вкурсе. Обычно для этого вводят промежуточный слой работающий с данными и инкапсулирующий всю логику по сохренению/удалению записей. Это уменьшает связанность системы и удешевляет дальнейшую поддержку приложений.
p.s. Почитайте про DDD, принцыпы S.O.L.I.D.
