Duioka, надо было фото приложить, может вы защёлку с pci-e не сдвинули, может кривая задняя стенка, но там она руками как консервная банка гнётся. Кожух матери мешать не может, так же надо модель видеокарты указать, сколько она слотов? 2 или 3?
Надо было сразу посмотреть сколько длина видеокарты, сколько есть в корпусе, я тоже недавно менял, оно влезло, но пришлось чуть опускать жёсткие. Думаю поменять могут. Не стоит экономить на корпусе, так как железо у вас не бюджетное.
А потом ещё заказчику надо все это объяснить и показать, как я понял там что то типо сайта визитки, две три вкладки, типо контакты и как проехать. Блок где информацию менять, край два три места.
Раньше тоже мучался собирать этот зоопарк библиотек и половину дистра. Потом прям на андройд устройстве через linux deploy поднимал линух на арм и компилил без танцев и кросскомпиляции