Правда при выходе из спящего режима приходится заново выполнять setkxbmap. С этим ещё не рзаобрался. Возможно, проще будет уже просто прописать конфиг в /etc/X11/xorg.conf. При этом, верные настройки прописаны в /etc/default/keyboard. Прописаны, но не работают.
Оказалось, эта проблема появляется из-за indicator-keyboard-service. Проблема решается довольно просто:
sudo mv /usr/lib/x86_64-linux-gnu/indicator-keyboard-service /usr/lib/x86_64-linux-gnu/indicator-keyboard-service.backup && sudo kill `pgrep indicator-keyboard-service`
