Думаю задал полне корректный вопрос, теги отметил нужные, но, возможно, опубликовал не в то время, а приглашенный эксперт, оказывается, не заходил с января-месяца. Пригласить другого уже нельзя. Вопрос похоже умер.
Есть почти такое решение - в окне "Batch conversion", над кнопкой "Start Batch", выберите "Include subdirectories", потом, под выбором формата поставьте галочку на "Use advanced options", откройте "Advanced" опции, и в самом конце, в "MISCELLANEOUS" выберите "Create subfolders in destination folder".
Этот вариант сохранил дерево каталогов в конечную папку, но начал это дерево аж с корня диска.
Тут написано, что beginCache и endCache не будут работать, но будет работать этот фильтр:
как он работает?