коммерческое использование - использование, которое подразумевает получение прибыли. есть прибыль или нет - неважно.
взломом и вредом никто из вменяемых заниматься не будет. могут:
- забить
- судиться
- занести домен в блэк
- отказать в суппорте
- ограничить функционал
- etc
БД нужна там, где данных реально много и/или ими нужно оперировать.
Логи можно хранить и в файле (настроив ротацию) и в бд. Просто потому, что данные из логов достаточно редко анализируются.
Ключи для продажи сторятся в базе тупо для учёта, чтоб каждому Васе можно было показать какие ключи он купил.