<file path="system/library/db/mysqli.php">
<operation>
<search><![CDATA[$this->connection->set_charset("utf8");]]></search>
<add position="replace"><![CDATA[$this->connection->set_charset("utf8mb4");]]></add>
</operation>
</file>
Можно посмотреть в комментариях тут https://www.php.net/manual/en/features.connection-...
Конкретная реализация может зависеть от используемого веб-сервера и его настроек.
(Но сейчас разработчики Jivo наверное поправили этот момент - у меня бот отправляет ответные сообщения без этих ухищрений.)