А чем консоль-то не удобно. С панелями ставятся всякие не нужные вещи. Домены на своем VPS по моему лишнее — DNS серверов навалом и свой держать не зачем. Через apt-get ставится все элементарно, а манов по настройке навалом. Напишите bash скрипт и будет вам автоматизация.