И так, и так можно делать.
Если это просто офисы/пункты выдачи в разных регионах, то можно ограничится одним сайтом.
Если по регионам контент сильно отличается, то лучше разнести на поддомены.
И в том, и в другом случае полезно почитать рекомендации Яндекса про региональность
help.yandex.ru/webmaster/?id=1108952