Есть только одна методика обучения всему и вся, в том числе и администрированию - делать. Ставить виртуалку, придумывать задачи - и делать. Ну или для хардкорщиков - ставить bare-metal. ЛЮбые курсы могут стоить денег - ведь их кто-то должен вести, да?