CityCat4

Собрать новый gcc. Вот только для EL6 обычно это mission impossible. EL6 - он уже достаточно стар и в нем устарело все. Поэтому для сборки нового gcc потребуется попутно собрать еще туеву хучу всякого.
Если нет идиосинкразии к systemd - переходить на EL7/EL8. Если есть - ну, тут искать самому, дистрибов без этого уродца немного.

man yum

Консоль. Заход рутом через консоль и правка всех необходимых файлов. Если по каким-то причинам консоль недоступна - только перестановка.

ЗЫ: Древо познания произрастает из шишек на лбу.

Удалить ключ
или
прописать в конифге openssh для данного юзера меторды авторизации только password и keyboard-interactive

Телепаты в отпуске. Логи где?

man chmod

Наверное логи посмотреть, да? Нельзя сказать, чтобы sendmail был особо подробен в логах, но информации можно извлечь достаточно.

Это скорее означает, что процесс был терминирован по сигналу ("Программа выполнила недопустимую операцию и будет закрыта"). Придется долго гуглить и смотреть настройки, которые можно покрутить.

Пара миллионов мелких файлов именно так и архивируется (и распаковывается).

Вы описали стек протоколов IPSec :) Да, в настройке он непрост :) Но Strongswan на EL6 у меня работает без глюков (соответственно я думаю не будет глючить и на EL7), а документации на сайте швана - хоть зачитайся.

nagios, zabbix

Strongswan.
Документация у него подробная до маразма. И логи не менее подробные, вплоть до дампа всех пакетов в хексе.

Сделать заглушку, которая будет направлять на сайт-пустышку (да хоть даже на "It worked" от апача :) )

Боже, Вы откуда выкопали этот артефакт? :) Последний el6 - 6.10.

Данное приглашение означает, что bash выполняет .bashrc либо .bash_profile и в нем есть команда, которая ссылается на отсутствующий файл.

И ведро пипец какое старое...
# uname -a
Linux xxx.xxx 2.6.32-754.9.1.el6.centos.plus.x86_64 #1 SMP Thu Dec 6 08:03:42 UTC 2018 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

noarch обычно означает, что пакет не выставляет требований к архитекутре (например, там скрипты). Я бы поискал такой пакет вручную через rpmfind например и посмотрел - что у него внутри. Не исключено, что там ошибка и на самом деле вовсе не noarch, а i386.