Как лучше поддерживать актуальность ПО в docker контейнерах?

Да. Т.е. появилась новая версия, обновилась сборка в репозитории, после этого я пересобираю у себя контейнер и запускаю с новой версией. А данные все на локальном хранилище и монтируются при сборке.

Как включить запиcь ошибок PHP в error.log в текущей папке автоматически на Apache?

Кхм, прошу прощения. Не обратил внимание на то, что отображается не корректно

<VirtualHost 192.168.11.12>
DocumentRoot "/home/webs/mywebsite/html/"
ServerName mywebsite.com
<Directory /home/webs/mywebsite/html/1>
ErrorLog /home/webs/mywebsite/logs/1/error.log
</Directory>
<Directory /home/webs/mywebsite/html/2>
ErrorLog /home/webs/mywebsite/logs/2/error.log
</Directory>
</VirtualHost>

Как включить запиcь ошибок PHP в error.log в текущей папке автоматически на Apache?

Добрый день!
Можно попробовать еще вид

DocumentRoot "/home/webs/mywebsite/html/"
ServerName mywebsite.com

ErrorLog /home/webs/mywebsite/logs/error.log

P.S. Это пришло в голову, возможно решение не рабочее.
Синтаксис: ErrorLog имя_файла
Контекст: конфигурация сервера, virtual host