Если один сайт админят несколько пользователей, то можно сделать группу users-domain1, права на папки domain1.com - 770, владелец www-data, группа users-domain1.
Кажется я понял в чем дело. Скорее всего у вас в dongle.conf прописан параметр exten = +1234567890, поэтому звонок приходит на экстеншн +1234567890@dongle-incoming. У вас два пути: первый - убрать exten = +1234567890 из dongle.conf и тогда звонок будет приходить на экстеншн s@dongle-incoming, либо добавить exten => +1234567890,1,Dial(SIP/chemax) в dongle-incoming
В консоли включайте debug - core set verbose 7 и смотрите в чем проблема, сейчас информации недостаточно.
А вообще рекомендую для входящих подключить multifon и принимать звонки по SIP
У меня идеи кончились, т.к. я с хостингом дела никогда не имел, с debian всегда работал только локально.
Еще информация, может поможет - меня в boot.log после ваших строк еще присутствуют
Tue Jan 21 17:30:40 2014: [....] Cleaning up temporary files... ok
Tue Jan 21 17:30:40 2014: [....] Setting kernel variables ... ok
Tue Jan 21 17:30:40 2014: [....] Configuring network interfaces...ok
По поводу md2 и /var забудьте, я так понял у вас на сервере один раздел и он является корнем.
Судя по df с инодами теперь все ок, смотрите опять в логи - отгадка где-то там.