Запрос с регулярным выражение использует индексы только если однозначно задан префикс строки (читай выражение начинается с "/^"). Ваш запрос перерывал весь датасет.
На будущее: пожалуйста публикуйте примеры запросов к монге из JS консоли. Это стандартный инструмент, его все понимают примеры в нём все могут воспроизвести.
