Cat_CooLeR

Вот несколько вариантов как можно это победить:

1) Можно вот эти строки добавить в скрипт, где-нибудь сверху.

BEGIN {
    use Cwd 'chdir';    # Запуск скрипта из крона
    use File::Basename;
    chdir dirname $0;    # Меняем путь
}

2) Либо сделать сначала в кроне:

cd *путь к директории где лежит файл*;  /usr/bin/perl *путь к файлу*

3) В вашем скрипте указать полный путь к файлу.

use Encode qw(decode);
print decode("MIME-Header", 'Subject: =?windows-1251?B?yuDqIOTuIOLg8SDk7vXn4u7t6PLx/w==?=')."\n";
print decode("MIME-Header", 'Subject: =?koi8-r?B?8NLBytMtzMnT1CDEzNEg4czYwsXS1ME=?=')."\n"
print decode("MIME-Header", 'Subject: =?UTF-8?B?0J3QtdC00L7RgdGC0LDQstC70LXQvdC90L7QtSDRgdC+0L7QsdGJ0LXQvdC40LU=?=')."\n";

Subject: Как до вас дохзвонится
Subject: Прайс-лист для Альберта
Subject: Недоставленное сообщение