Счет это вообще бумажка, которая Вас как ИП мало к чему обязывает. Только к тому, чтобы выполнить свою часть работ/продать товар, если он будет оплачен (а в примечании можно указать сколь долгий срок это предложение действует). Поэтому вы можете его хоть устно по телефону продиктовать, хоть на email послать, хоть бумажной почтой. Цифровая подпись тут не нужна.
Можно и без договора выставить счет. Тут все зависит от того, как вы договоритесь с плательщиком. Если это продажа, то договор и не нужен. Если услуги, то будьте готовы доказать в суде, что вы их выполнили вот в таком объеме и так и договаривались изначально. В этом случае удобнее иметь договор.
А для налоговой подойдет сам счет в вашей системе учета документов, заверенный вашей подписью и печатью. Ну и все зависит от ситуации. Есть услуги для которых проще сделать договор и акт. Есть "очевидные" товары/услуги для которых договор не нужен.
