Все верно.
Редактирование товаров в методе controller/checkout/cart.php -> edit()
Плюс вам нужно будет править system/library/cart/cart.php -> update()
1. Аяксом передаете в контроллер массив: Ключ в корзине, Количество, Новые опции
2. Из контроллера передаете это в библиотеку корзины
3. Остается дописать запрос, чтобы помимо количества он еще и информацию об опциях обновлял.
