Было бы хорошо как-то дать реальный HDD виртуальной машине и там установить. Потом прямо с линукса переустановить GRUB, где в списке уже будут две ОСи.
Я так ставил windows 7.
Сделал раздел для win.
qemu -hda /dev/sda -cdrom /path/to/windows.iso -boot c
При первой перезагрузке установщика windows, вырубил виртуальную машину.
Переустановил Grub, добавил пункт с Windows
Перезагрузил ПК и продолжил установку Windows.