Приложение просто не отвечает после нажатия кнопки 'Запуск'(функция start)
Ну а что, логично. Читай как устроены оконные приложения, это же азы рабоыт с любым GUI.
Если кратко, у них в основе цикл, который принимает сообщения от ОС (нажата клавиша, сдвинута мышь, и т.д.) и обрабатывает их.
PyQT реализует этот цикл сам, ты имеешь дело только с обработчиками событий - но цикл от этого никуда не девается. Всё происходит в одном потоке, так что пока обработчик события работает - цикл стоит, следующие сообщения ждут очереди.
Так что когда ты делаешь
while self.gag==True:, твой обработчик никогда не выйдет из цикла while, никогда не передаст управление оконному циклу, и щелчок по кнопке end никогда не будет обработан (кк и любое другое событие).
Что делать?
а) start запускает второй поток, end его останавливает. Кури документацию к модулю threading.
б) смотри, есть ли в PyQt способ запланировать вызов функции на следующей итерации оконного цикла/спустя некоторое время. В этом случае ты можешь раз за разом планировать вызов своей функции, которая реализует одну итерацию (гапример, шлёт одно нажатие кнопки). Поскольку её вызов будет выполняться средствами оконного цикла, а отрабатывать она будет быстро, это не помешает оконному циклу.
