По идее ничего страшного не будет, если уж вы заперты с 3м. Бутстрап никак не должен ломать вложенную флекс-верстку, да и сам ломаться от нее не должен. Пострадает, конечно, поддерживаемость такого решения, по сравнению с 4м, но тут уж как сами организуете.
В конце концов, есть легкие флекс-утилитки, делающие многое из того, что делает 4й бутстрап.
