Victor Alenkov

Правильно считают. Вы должны заинжектить через интерфейс объекта2 в базовом сервисном классе и там его использовать. А вот уже при объявлении бина сервисного класса указать что туда будет инжектиться.

обычно это делают через аннотацию @Required над сеттером нужного бин-поля

посмотрите на Spring Web Reactive - подойдёт?

проблема 1: гугл нам поможет

я бы скорее сравнивал NetBeans vs JetBrains IDEA, чем Eclipse.
А начинать лучше, как сказали выше - с редактора с подсветкой, чтобы понимать основы. Потом попробовать делать одни и те же задачи в каждой из IDE и тем самым придти к "той самой" для вас.
мой путь был: console editor -> notepad++ -> Eclipse -> NetBeans -> Eclipse -> IDEA

так подойдёт?

@Entity  
@Table(name = "B")  
public class B implements Serializable {  
...
    @Column(name = "data", nullable = false)
    @Lob
    @javax.persistence.Basic(fetch=FetchType.LAZY)
    private byte[] data;
...
}

IDEA по умолчанию использует свою JDK, которая расположена в $IDEA_HOME/jre. В последних версиях это изначально уже Oracle Java 8.
А вот для проектов надо указывать необходимую JDK через настройки проекта (File > Project Structure > Project > Project SDK)

Разнесите Entity-сущности и POJO сущности в разные классы и сериализуйте/десериализуйте через Mapper-классы. Это хоть и увеличит количество классов, но зато упростит дальнейшую поддержку приложения - внутренние сущности и внешние со временем могут "разбежаться" по содержимому.

Если же такой вариант не подходит, тогда пишите свой десериализатор, в котором по ID получайте нужную сущность.

устанавливайте Tomcat в Program Files - это будет CATALINA_BASE. делайте в APP_DATA каталог для Tomcat - это будет CATALINA_HOME. И дальше читаем тут и тут с поправкой на то, что у вас Windows, а не Linux

через Nginx. каждое приложение запустить на отдельном порту (а не все на 8080) и в Nginx для каждого домена указать свой backend сервер

org.springframework.util.ReflectionUtils#getField

А зачем вам тогда WEB-разработка, если программа сугубо локальная?
Посмотрите на SWT/JavaFX + HSQLDB