Странный вопрос. Вы установили посредника, а потом удивляетесь, почему с ним работает медленнее, чем без него. Очевидно, что часть ресурсов сервера тратится на сам docker.
Лучше переформулировать вопрос, почему на docker тратится так много ресурсов. Но для ответа на этот вопрос лучше нанять опытного админа, который будет ковыряться в вашем сайте, профилировать и искать проблему.