Boris Köln

Странный вопрос. Вы установили посредника, а потом удивляетесь, почему с ним работает медленнее, чем без него. Очевидно, что часть ресурсов сервера тратится на сам docker.

Лучше переформулировать вопрос, почему на docker тратится так много ресурсов. Но для ответа на этот вопрос лучше нанять опытного админа, который будет ковыряться в вашем сайте, профилировать и искать проблему.

location = /robots.txt {
        fastcgi_pass    unix:/run/php/php7.4-fpm.sock;
        fastcgi_index   index.php;
        fastcgi_param   SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
        include         fastcgi_params;
}

RTFM nginx.org/en/docs/http/ngx_http_rewrite_module.htm... (по аналогии с примером "/download")

Глобальные переменные и простыня из if - это говнокод, в котором сложно искать ошибки и сложно поддерживать.

Всё это можно сделать в 3 строчки:

$queryString = parse_url($url, PHP_URL_QUERY);
parse_str($queryString, $getValues);
return '/' . ($getValues['a']?? '')
   . (isset($getValues['filter'])? '/filter': '')
   . (isset($getValues['deleted'])? '/deleted': '');

В конфиге Apache/Nginx для этого сайта укажите нужный DOCUMENT_ROOT.

Если потом нужен исходный файл, то в новом скрипте сделайте нужные действия, потом chdir() и require() исходного файла.

Вангую: это не Nginx, а в PHP открываете сессию и долго работаете, не закрывая ее. Поэтому второй запрос ждет, пока текущая сессия освободится (фактически, пока первый запрос закончится). Надо сессию закрывать сразу же.

nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_secure_link_module.html

The plain HTTP request was sent to HTTPS port

Неправильно настроены порты. Вероятно, на 80 порту тоже отдается сертификат (он должен отдаваться только на 443 порту).
Укажите ваши конфиги.

Наследование работает.
Попробуйте
access_log /var/log/nginx/access.log;

if ($request_method = POST) {
		rewrite ^ /index.php break;
	}

	location = /index.php {
		internal;
		fastcgi_pass    unix:/run/php/php7.3-fpm.sock;
		fastcgi_index   index.php;
		fastcgi_param   SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
		include         fastcgi_params;
	}
	
	location = / {
		try_files $uri $uri/;
	}

RTFM nginx.org/en/docs/http/ngx_http_proxy_module.html#...

When this size is exceeded, it removes the least recently used data.

if (!-e $request_filename) {
rewrite ...
}

Лучше использовать try_files

Файл успешно генерируется, однако и после того, как он появился уже по адресу static.site.com/dir/fileX_Y.ext - он всё равно продолжает редиректить запрос на api.site.com, не могу понять причины.

Браузерный кэш

Вариант 1. Сделайте наоборот: не добавлять, а удалять ".html"
Вариант 2. В регулярке перечислить все остальные расширения или вообще упростить "если не содержит точку": ^(.*?/[^\.]+)$

nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_rewrite_module.html

P.S. Только не используйте if

Что именно находится в /var/www/front/user/dist/route ?
1. Если статика, то она должна скачиваться средствами nginx
2. Если include-файлы, то их надо перенести на уровень выше, чтобы не были доступны по http
3. Если этот запрос обрабатывается вашим приложением, которое дает ошибку, то, соответственно, надо исправить этот баг в приложении

rewrite ... permanent;

nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_rewrite_module.htm...